داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی فیستین و کامپفرول با آلبومین سرم انسانی

فلاوانوئیدها دسته‏ای از فنولیک‏های گیاهی ثانویه با خواص آنتی اکسیدانی هستند که دارای عملکردهای مفیدی مانند فعالیت‏های ضد التهابی، ضد سرطانی و ضد توموری می‏باشند. فیستین و کامپفرول دو ترکیب فلاوانوئیدی مفید هستند. به علت انحلال پذیری اندک این ترکیبات در آب برای حمل آن‏ها در محیط بدن نیاز به یک حامل زیست سازگار می‏باشد. آلبومین سرم انسانی فراوانترین پروتئین در پلاسمای خون انسان است که هورمون‏ها، اسیدهای چرب و دیگر ترکیبات را منتقل می‏کند. در این پژوهش توانایی آلبومین سرم انسانی برای حمل این لیگاندها با استفاده از روش‏های محاسباتی بررسی شده است. ph فاکتوری مهم در بررسی پایداری ساختار آلبومین سرم انسانی و کمپلکس‏های آن با دیگر ترکیبات است. در این مطالعه برهمکنش بین آلبومین سرم انسانی با فیستین و کامپفرول با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی و داکینگ مولکولی به منظور بررسی ماهیت برهمکنش‏های درگیر در اتصال این دو لیگاند به پروتئین بررسی شده‏اند. تغییرات ساختاری آلبومین سرم انسانی در phهای متفاوت و اثر اتصال فیستین و کامپفرول بر این تغییرات با روش‏های محاسباتی ذکر شده بررسی شد. مقدار متوسط شعاع چرخش پروتئین در phهای اسیدی و بازی نسبت به ph خنثی افزایش می‏یابد که نشان دهنده‏ی کاهش پایداری ساختار پروتئین است. افزایش این کمیت در phهای اسیدی نسبت به ph بازی بیشتر است. بر اساس نتایج به دست آمده از داکینگ مولکولی، جایگاه ib پروتئین آلبومین سرم انسانی جایگاهی مناسب برای اتصال فیستین و کامپفرول به این پروتئین می‏باشد. نتایج به دست آمده از شبیه سازی کمپلکس آلبومین سرم انسانی با این لیگاندها در phهای متفاوت نیز جایگاه ib این پروتئین را به عنوان محل اتصال لیگاند به پروتئین نشان می‏دهند. تطابق این نتایج نشان دهنده‏ تائید نتایج داکینگ مولکولی فیستین با آلبومین سرم انسانی توسط نتایج شبیه سازی دینامیک مولکولی کمپلکس فیستین-hsa و کامپفرول- hsa می‏باشد.